Nació el 6 de marzo de 1492 (o 1493) en la ciudad de Valencia, entonces perteneciente al reino de Valencia y en la actualidad a la Comunidad Valenciana, en España. La familia Vives era importante dentro del núcleo de comerciantes judíos, religiosos y económicamente acomodados de la ciudad. Para proteger la vida de sus familiares, así como sus propiedades y evitar asimismo el riesgo de ser expulsados, se vieron obligados a convertirse al cristianismo. Sin embargo, siguieron practicando el judaísmo en una sinagoga que tenían en su casa y de la que era rabino un primo hermano de Juan Luis, Miguel Vives. Pero la Inquisición descubrió a Miguel y a su madre en la sinagoga en plena liturgia, iniciándose así un proceso contra la familia Vives. Baltasar Vives, señor de Vergel en 1522 y tesorero nombrado por el rey Carlos I para reunir dinero con el que financiar la guerra contra la Germanía, es señalado como el tío paterno de Juan Luis Vives.4​ A los quince años, Juan Luis Vives empezó a estudiar en la Universidad de Valencia, fundada cinco años antes. Acudió a dicho centro desde 1507 hasta 1509 aproximadamente. El proceso contra su familia continuó y en 1509, su padre, preocupado por el cariz que tomaba el asunto, decidió enviar a su hijo a estudiar al extranjero. Así, el otoño de 1509 Vives partió rumbo a París para perfeccionar y ampliar sus conocimientos en la Universidad de la Sorbona, centro de atracción de muchos estudiantes de la Corona de Aragón y en el que enseñaban muchos profesores españoles. Terminó sus estudios en 1512, alcanzando el grado de doctor, y se trasladó a Brujas (Bélgica) donde vivían algunas familias de mercaderes valencianos, entre ellas la de su futura mujer, Margarita Valldaura. Recibió la noticia de que su padre había sido condenado y quemado por la Inquisición en 1524, y su madre Blanca March, muerta en 1508, desenterrada y sus restos quemados en 1530.5​ Inmerso en una depresión anímica, se trasladó a Inglaterra, rechazando una oferta para enseñar en la Universidad de Alcalá de Henares, por miedo a que la Inquisición le persiguiera a causa de sus antecedentes familiares. En el verano de 1523 fue elegido lector del Colegio del Corpus Christi por el cardenal Wolsey, cargo que comportaba también ser nombrado canciller del rey Enrique VIII de Inglaterra. Vives veía cumplido así su anhelo de establecerse en una corte, único lugar en el que un humanista podía desarrollar dignamente su trabajo investigador de la cultura y enseñar los descubrimientos de sus estudios. Ahí trabó amistad con Tomás Moro y la reina Catalina de Aragón. Sin embargo pronto se desanimó, ya que añoraba a sus amigos flamencos y la vida académica de Lovaina, en la que destacaba Erasmo de Róterdam, y donde tenían lugar las discusiones más apasionantes entre los más destacados humanistas europeos. Su amistad con la reina Catalina le permitió que el 28 de abril de 1525 se le concediera la licencia para importar vino y lana hasta Inglaterra y exportar trigo al continente. Con los beneficios de este comercio y la pensión real su situación económica mejoró. Desde mayo de 1526 hasta abril de 1527 residió de nuevo en Brujas, lugar en el que se enteró de la condena a muerte de su amigo Tomás Moro por oponerse al divorcio del rey. Vives escribió en Brujas su tratado sobre el socorro de los pobres (De subventione pauperum, 1526), en el que analizaba y sistematizaba la organización de ayuda a los pobres y cómo debía hacerse. Por ello se considera a Vives la primera persona en Europa en planear un servicio público de asistencia social. Fue, por tanto, el precursor de la organización futura de los servicios sociales en Europa y uno de los precursores de la intervención del Estado organizada y asistencial en favor de los necesitados. Catalina invitó a Vives a retornar a Inglaterra para que enseñara latín a su hija, María Tudor. Para intentar ayudar a la reina, Vives escribió al emperador Carlos, enemigo del rey, y al papa Clemente VII, pero sus notas fueron interceptadas por el cardenal Wolsey. Viendo que sus esfuerzos eran inútiles y que el rey jamás renunciaría al divorcio, intentó convencer a la reina para que lo aceptara. Esta estrategia desagradó tanto a Enrique como a Catalina; le fue retirada la pensión real y tuvo que abandonar Inglaterra. Buscó entonces protección en Carlos V, a quien dedicó su tratado De concordia et discordia in humano genere y otro al inquisidor general de España que tituló De pacificatione. Le fue concedida una renta anual de 150 ducados, que representaba la mitad de sus gastos; sin embargo, jamás consiguió el beneficio eclesiástico solicitado.